SERVICES
Chimie Computationnelle
Totalement intégrée à l’équipe, la chimie computationnelle catalyse votre projet.
Catalyse votre projet
Une intégration synergique étroite avec la chimie médicinale, la biologie (suggérer des mutants pour le POC) et les groupes de propriété intellectuelle nous a permis de prédire et de Défier les ideas™.
Notre objectif est d’apporter une approche très ancrée et pragmatique en mettant fortement l’accent sur la faisabilité synthétique, car les données doivent être exploitables.
Nos scientifiques en chimie computationnelle travaillent en étroite collaboration avec notre équipe de chimie médicinale pour une évaluation et un alignement efficaces des fondamentaux du projet et pour aligner la pensée.
- Optimiser le modèle structurel existant
- Valider le protocole d’amarrage
- Soutenir la chimie médicinale pour établir le SAR
Cheminformatique
Gestion des données
- Nettoyage et préparation de bases de données
- Formatage et conversion des données
et des types de fichiers (ex : de TXT à SDF) - Molécules de 2D à 3D
- Regroupement et filtrage des données
Calculs de propriétés
- Calcul des descripteurs physico-chimiques et thermochimiques (i.e. LogP, TPSA, masse molaire, acidité/basicité, …)
- Calcul des scores CNS, MPO et BBB
Mécanique quantique
- Analyse de la conformation du ligand et évaluation de l’énergie
- Calcul des orbitales (HOMO, LUMO, indices de réactivité, charge)
- Analyse des interactions
- Analyse des réactions organiques et des états de transition
- Exploitation de la surface d’énergie potentielle (mécanisme de réaction)
Plate-forme spéciale
Protacs
- Conception et optimisation de ligands Protacs
Puissance de calcul illimitée
- Serveurs internes pour les calculs quotidiens
- Serveurs externes à la demande avec une sécurité de pointe pour :
- L’arrimage moléculaire (docking)
- Le criblage virtuel
- Les dynamiques moléculaires
Interactions Protéine/Ligand et Protéine/Protéine
Construire un modèle d’arrimage moléculaire (docking)
- Évaluation des structures disponibles (données cristallographiques et modèle AlphaFold)
- Génération de modèles par homologie
- Création et validation du protocole d’arrimage moléculaire (docking)
Criblage virtuel
- Sélection de candidats appropriés pour le criblage virtuel à partir d’une grande bibliothèque de molécules commerciales
- Génération de bibliothèques combinatoires basées sur les stratégies synthétiques actuelles
- Sélection basée sur les paramètres importants pour le projet
Relation Structure-Activité (SAR)
- Élaboration d’un modèle qualitatif
- Élaboration de modèles numériques (QSAR)
Nouvelle matière chimique
- Analyse du paysage de la propriété intellectuelle
- Modification/remplacement des structures
- Conception de structures De Novo
Modèle Protéine/Protéine
- Analyse de la surface des protéines (contacts, hydrophiles-hydrophobes, électrostatique, aire de surface et volume des cavités)
- Analyse des interactions avec les anticorps
- Arrimage (docking) protéine/protéine
Protéines en mouvement dans la découverte de médicaments
Dynamique moléculaire
- Simulation de la protéine libre et avec ligand
- Identification des mouvements principaux (PCA)
- Analyse de la fonction de la protéine et du mécanisme
- Identification et analyse de sites de liaison
- Affinage de la liaison du ligand
- Analyse de la structure et de la dynamique des protéines
- (RMSD), pourcentage d’interaction, amplitude de mouvement (RMSF, PCA) et de corrélation de mouvements